보그드 칸

환생 라마로서 얻은 권위는 종교적 차원에 그치지 않고 청 제국의 행정 권력과 정면으로 부딪혔다. 우르가에 도착한 뒤 오 년, 열 살 무렵부터 그는 수도에 들어와 있는 중국인 상인들의 횡포에 문제를 제기했다. 1882년에는 청 황제 광서에게 직접 문서를 올려, 중국인 상업 구역이 성 밖으로 옮겨가지 않으면 자신이 우르가의 거처를 에르데니 조로 옮기겠다고 통고했고, 청 당국은 결국 상인들을 사원에서 떼어놓는 양보를 했다.

이후에도 그는 청 행정부와 계속 충돌했다. 자신의 옛 스승을 궁에 숨기고 청 당국에 넘겨 재판받게 하는 것을 거부했으며, 우르가 암반 데린의 증세에 적극적으로 반대하고 그와의 면담까지 거절한 끝에, 베이징에 후원 세력이 있던 그를 결국 파면시켰다. 소식에 따르면 1900년대에는 제국 당국이 그를 겨냥한 암살 시도까지 벌였다고 한다.

1904년 달라이 라마 13세가 영국 원정군의 라싸 점령을 피해 할하로 왔을 때는 두 성직자 사이에 갈등이 있었다는 유럽인들의 기록이 전해지지만, 몽골·티베트 사료에 따르면 두 사람 사이에 실제 갈등은 없었고 청 당국이 달라이 라마를 몽골에서 몰아내기 위해 조작한 것이었다. 이 사건은 그에게도 값비싼 대가를 치르게 했다. 갈등의 외양이 만들어졌다고 여긴 그는 시력을 잃었다. 백내장이 있었다는 정보와 유럽인 의사의 치료(무료 치료까지)를 거절했다는 정보가 전하며, 알코올 중독 때문에 실명했다는 일부 유럽인의 주장은 몽골 사료와 어긋난다.

시력을 되찾기 위해 간단테그첸린 사원에는 26미터 높이의 관세음보살 메그지드 잔라이색 상이 세워졌다. 이 상과 사원의 건립은 달라이 라마 13세가 우르가에 있었을 때 축복한 것이었고, 상은 돌론노르에서 주조되어 분해된 채로 우르가에 운반되어 1913년에야 완성되었다.

할하의 제후들은 거의 눈이 먼 그를 자신들의 영향력 아래 둘 수 있기를 기대하며 그에게 넓은 충성을 보였다. 그러나 그는 병에도 불구하고 능동적이고 자립적인 정치가로서 자신을 드러냈다.