콘스탄틴 페트로비치 포베도노스체프

1904년 12월 12일 칙령은 정교회의 국가 내 역할과 교회 구조를 전면 재검토하라는 공식 명령이었고, 니콜라이 2세는 비테를 위원장으로 한 특별위원회에 관련 입법을 맡겼다. 포베도노스체프는 1905년 초 열 주 동안 이 위원회 회의에 나가지 않았고, 교회를 대표해 발언한 것은 상트페테르부르크 관구장 안토니였다. 안토니는 성무원 체제가 교회를 국가에 묶어 두어 다른 종파와의 경쟁에서 불리하게 만든다고 지적하며, 주교·사제·평신도를 아우르는 지방 공의회를 소집하고 총대주교제를 부활시켜 교회를 관청에서 고대의 정교회 기구로 되돌리자고 요구했다. 비테는 이 요구를 그대로 위원회 보고에 담았다.

포베도노스체프는 교회와 국가의 분리가 이상적으로는 바람직하지만 러시아에서는 불가능하며 오히려 양자 모두에 치명적이라고 맞섰다. 표트르 대제가 세운 성무원은 필요하고 유익한 조치였고, 총대주교제는 비잔티움에서 들여온 외래 제도이며, 교회의 진짜 문제는 행정이 아니라 성직자의 자질이라는 것이 그의 논리였다. 1905년 3월 12일 그는 니콜라이 2세에게 상소를 올려 교회 문제는 교회의 전권 사항인데 위원회가 이를 침범했고 총대주교 부활은 또 다른 니콘을 낳을 수 있다고 경고했다. 이 상소로 교회 문제 관할은 일시적으로 성무원에 되돌아갔지만 승리는 오래가지 못했다.

4월 17일 니콜라이 2세는 비테의 주장을 받아들여 정교회를 떠나 다른 신앙으로 옮기는 것을 허용하는 종교 관용 칙령을 반포했고, 그 후 2년 안에 30만 명 이상이 실제로 개종했다. 포베도노스체프가 성무원의 감독 아래 조직한 교구 회의들조차 그의 의도와 달리 공의회 소집과 총대주교 선출, 교구 행정·법원 개혁, 신학교 개선, 교구 자치 확대를 요구했다. 1905년 10월 선언으로 전제정치가 흔들리자 비테의 제안에 따라 그는 총대주교권을 지키던 성무원 검사장 자리에서 조용히 해임되었고, 그의 마지막 근무일은 10월 24일이었다. 평생 방어한 교회 관료 체제는 그가 지켜보는 앞에서 스스로 무너졌다.